Всего лишь два языка из этой семьи сохранялись в XX столетии, кетский и югский (вымерший к концу века). Коттский язык вымер в XIX веке, аринский, ассанский и пумпокольский — в XVIII. К енисейской семье, по-видимому, принадлежали также языки буклинцев, байкотцев, яринцев, ястинцев, ашкиштимов и койбалкиштимов, о чём можно судить из записей царских собирателей ясака XVII века, однако от самих языков ничего не сохранилось, кроме нескольких личных имён.

Саянские самодийцы говорили на диалектах камасинского и маторского языков. Согласно исследованию Е. А. Хелимского, данные языки не обнаруживают тесных генетических связей ни между собой, ни с другими самодийскими языками.
Часть койбалов по некоторым наблюдениям говорила на диалекте камасинского языка, но впоследствии были ассимилированы хакасами. Подвергшиеся монголизации сойоты перешли на бурятский язык. Саянские самодийцы были ассимилированы в основном хакасами, отчасти — тувинцами и западными бурятами, в конце XX века — русскими.